黑客帝国里锡安是真实的还是虚拟的？
锡安是真实的存在的，因为如果锡安是虚拟的，那么2,3部的剧情都是没有意义的，故事的内核完全倒退回第1部的真假之战。而事实上故事最后的结局：
人类方就是第二部中尼欧跟议长那段对话的探讨，人其实已经离不开机器了，于是选择停战。
机器方则是完成了系统的进化，因为以前的母体无论重启多少次，都没有得到实际上的进步，只是原地踏步。其实机器文明也一样，他如同矩阵一样是僵化的，机器无法完成自身的进化，矩阵系统实际上除了获取人类生物能源外，对于机器来说更重要的是通过观察人类社会获取物种进化的能力。新一代的程序（比如那个负责控制天气的小女孩）已经慢慢获得了更多人类的情感。最后先知这个作为改革派的程序利用尼欧与史密斯作为筹码，完成了矩阵的革命。矩阵的轮回停止了，而机器也离不开人类，所以选择停战。
最后机器跟人类达成了共存，可能也表达了导演抛出的一个命题，AI的崛起或许是未来不可避免的，作为人类应该考虑如何共存双赢。
那么最后让我们再回到锡安真假的问题，如果锡安是假的，那么上面的剧情跟影片最后表达的什么共存、和平、双赢都是“Bull shit！”。剧情发展有意义吗？尼欧决战史密斯挽救人类与机器有意义吗？先知的革命有意义吗？最后先知跟建筑师的对话有意义吗？什么都没有意义了，只是机器自己玩的游戏，它们爱怎么瞎JB玩就怎么玩。这就如同导演绘声绘色给你讲一个津津有味的故事跟大道理等你若有所思的时候突然拍手掌大笑都TM是假的。
而且居中大量的台词，剧情，细节都是为了说明锡安是真实的而服务的，包括解释为什么尼欧获得了在真实世界影响机器的能力，这些就不列举了。
我想导演不会那么低级喜欢推翻自己设计的剧情对白还有概念吧？
所以锡安是真实存在的
黑客帝国有可能是真的吗？
可能
从哲学，准确地讲是形而上学（哲学的一种，有亚里士多德创立），上来讲“如果你一直在做梦，你是无法知道你在做梦的”。
所以如果没有人引导你走出“梦境”（所谓的黑客帝国Matrix），那么你自己只能向影片中之一个救世主（没有提及，只是在第二集的源代码那里说道Neo是第六个救世主）那样用某种没说清的 *** （一般来看应该是超自然和超逻辑的 *** ，比较神乎其神的那种。没有正经的说法，只有猜测）来从这个“梦境”当中“醒来”
对于这种情况，有两种态度：
1.努力尝试探索，找到那种超自然 *** 脱离控制并进入与控制者的斗争
2.因为在“梦境”当中与一般世界没有差别（或者因为超自然 *** 是不存在的），所以就生活在这个“醒不了的梦境”。从逻辑上，这个梦境既然醒不了，那么它就是最实际的现实。就好比你说这间屋子里有一只龙，但是它不会喷火，而且看不见，摸不着，完全无法影响这个世界，这时就相当于这只龙不存在。
黑客帝国的情节是不是真实的
当然是假的啦，黑客帝国是科幻片而已，如果目前的科技达到这种水平，那不是人人都是“专家”了
对《黑客帝国》的一些疑问（黑迷进）
排除第三个问题（一楼回答很好，不用赘述）
其他三个问题包括补充的提问我放在一起说了：
首先，不知道LZ知不知道一个解释：锡安也是机器人世界制造出的幻觉，片中用绿蓝两种颜色的数据流来分别了，那么我们首先在这个前提上讨论你的几个问题：1.容易理解，因为还在虚拟程序中，尼奥的实力在对抗乌贼时升级，起初他的能力只能凌驾Matrix层面，现在可以凌驾两个层面即Zian层面，这才是他与其他the one的更大区别。
2、4和补充问题：回答这些问题也有另一个前提：不知道LZ想没想过，先知为什么要帮助人类，以及她真的是在帮助人类吗？作为机器世界的一段程序，先知一反常态如果没有合理解释可能吗？当然不可能。那么答案很明显她的动机还是为了机器世界。在解释这个之前，我们来明确下电影中人物所代表的深层角色：建筑师是统治者，他决定世界的走向，维持世界的和平。墨菲斯等人是意图颠覆世界建立新秩序的革命派。法国佬等人代表失势的守旧贵族派，但还是颇有实力底蕴的，而且我觉得他在之前很可能也是革命派，他妻子就说过他很久以前像尼奥，只是后来跟统治者苟合堕落了。最后，先知呢？是改革派，建筑师用救世主的谎言一次次让收集Matrix系统BUG的the one来到主机为Matrix系统打上补丁，并重启Zian系统（就是那个几个男的十几个女的重建Zian），而先知，这个激进的改革派，她想让整个Matrix系统重装完成更大限度的升级。而这是一个完全确定的前提，或者说结论，所以先知引导尼奥，为了完成对Matrix彻底革新（补充问题）。所以，为了达到目的，先知不惜以自己作赌注，建筑师最后也说她的游戏很危险（问题4）。所以，系统已经完成重装的升级，以后什么情况不好说（问题2）。
然后，说回来，推翻之一个前提，即Zian不是机器世界的虚拟系统，(不好意思这两天生病)那么尼奥一样是超越两个层面，那他不是黑客帝国更高生命体了？我觉得差不多了，但是他还是要和机器世界妥协。本人哲学功底不够，听说这里有一个多层面理论可以解释，我不大懂不过我用科学的维面理论解释觉得也差不多，尼奥等级高不代表他就无敌，所以还要和机器世界妥协。其实解释楼主的问题跟前面差不多，不一样的是如果Zian不是机器世界的虚拟系统，那尼奥的斗争可以说是真正胜利了，那么第二个前提岂不是站不住脚了？我觉得不是，先知的出发点在于升级Matrix系统这没有疑问，让人类自由选择是她在之前改造Matrix就已经在实行的了，那么让这种选择更大化到人们可以自由选择真实与虚幻也许是她认为的对Matrix的更大化升级。尼奥知道了，他与先知各取所需。
其实我觉得沃卓斯基兄弟（现在应该是姐弟了）的意图应该倾向于前一种，但是真正伟大的作品不正是让后人作出比作者更为深刻的解读吗，伟大作品的意义在于提问与启迪。我们的导演总是在讨论未来可能出现的人类对待机器智能的问题，而沃卓斯基提出的是在机器智能主导的文明中怎样对待人类的问题。从这个角度讲，《The Matrix》真是一部艺术性与思想性都极为出色的影视作品。
完
黑客帝国会不会真实存在，这一切只是我们脑中的信号，世界并不真是真实的
其实你猜对了，人类都不存在，包括宇宙，都不存在，因为我给你说个最基本的，地球上的动物是谁给起的名字，你就打不出来，估计也没人能答的出来，因为我们都是被设计出来的程序，设计程序之前就已经被命名了，你仔细想象就明白了
黑客帝国里面虚拟世界的人都是真实的外来物还是代码？
以下个人观点
虚拟世界的，是代码，那个史密斯就是。现实世界里，当然是人。
人对抗未来世界的超级电脑。那个大章鱼，墨菲斯带neo回去的基地，都是人，是现实
我是这么认为的。
黑客帝国里哪些是真的，哪些是假的！
dream的回答我基本赞同，所谓zion,很可能是个虚拟环境，虽然电影的导演说“there is no box in the box”,但是，neo在眼瞎之后还有超能力很难解释，难道是脑袋里装了无线网卡？这个解释不免牵强。
最后，对于机器社会的意图，可能就像之一部里史密斯说的，为了构筑一个让所有人类能够存活下去的虚拟系统，那么，zion其实也是这个系统的一部分，因为人有反抗的欲望，而 zion，满足了大家的这个欲望。
关于黑客帝国已经查到的解释仍有疑问
嗯，首先您找到的解释中所说的“所谓真实世界其实是另一层虚幻”我不敢苟同。因为完全没有证据表明zion所在的世界不是真实的。下面我来依次为您解答问题。史密斯和那些机械师金色的因为他们都是机器和程序，neo瞎掉以后只有救世主独有的那种视力而非正常人有的那种感光的视力了。这也就是为什么他看不到女主而且要摸索着爬出去。史密斯这个程序失控后想要同化整个母体，但是你记不记得第二部里提到过，母体之父在“The Source”里面，只有救世主才认识哪一扇门后面是万物之源而且只有救世主才有那把打开门的钥匙，所以我认为他同化不了母体之父。最后女主要死的时候说neo已经救活过她一次，是在第二部结尾时，女主在母体里从楼上坠下并中了一枪，而后neo利用他能在母体里的特殊能力取出了子弹，并用同样的办法 *** 女主的心脏使其复活（详情轻看第二部结尾）。而在第三部结尾，女主的真实身体已经严重受伤，neo是无能为力的。综上，如果您认为整个电影里没有出现过真实世界就大错特错了。在现实世界里neo救不了女主的。